Schon vor dem Brand von 1637 hat es in der Kapelle eine Orgel gegeben, an der auch der Hoforganist Samuel Scheidt tätig war. Der denkmalgeschützte Prospekt und das Gehäuse mit zwei Schauseiten stammen im Entwurf von Regierungsbaumeister Leibnitz aus Berlin und wurde samt dem Orgelwerk von der Orgelbaufirma Wilhelm Rühlmann aus Zörbig 1898 ausgeführt.
Die Orgel verfügte über 12 Register auf zwei Manualen und Pedal mit pneumatischen Kegelladen. Der Charakter der Disposition war auf rein gottesdienstlichen und weniger konzertanten Gebrauch ausgerichtet. Wegen zunehmender Störanfälligkeit der Orgel kam es zu Überlegungen seitens der Gemeinde und der Universität, die Orgel grundlegend zu überarbeiten bzw. zu erneuern. Die Orgelbaufirma Kühn aus Merseburg wurde beauftragt, ein neues Orgelwerk in das denkmalgeschützte Gehäuse einzubauen unter Verwendung einiger erhaltenswerter Register der alten Orgel. Die Arbeiten führte der Orgelbaumeister Thomas Hildebrandt der Fa. Kühn aus. Es entstand aus der alten pneumatischen 12-Register-Orgel eine mechanische Orgel mit 16 Registern auf zwei Manualen und Pedal. An der Disposition der Orgel arbeiteten Martin Rost und Michael Schönheit mit. Einweihung war am 18. November 1990.
Die Orgel erklingt regelmäßig in den Gottesdiensten der Gemeinde St.Maria-Magdalena.
Kleine Orgelgalerie
